销售写字楼计算增值税时为什么要减除地价款呢？

税务师受托对市区某房地产开发公司（增值税一般纳税人）纳税情况进行审核，房地产开发公司在2021年发生如下业务：
（1）5月10日通过竞拍取得市区一处占地面积为20000平方米的土地使用权，支付土地出让金3500万元；
（2）自6月份开始在取得的该土地上建造写字楼，支付工程款合计为1500万元，并于当年8月31日完工；根据合同约定，扣留建筑安装施工企业5%的工程款，作为开发项目的质量保证金，对方按实际收取的工程款给予开具增值税专用发票；
（3）与该开发项目有关的销售费用40万元、管理费用60万元、财务费用100万元，其中财务费用中包括向金融机构贷款利息支出80万元以及超过贷款期限加罚的利息20万元，利息支出能够提供金融机构贷款证明，并且能够按照房地产项目计算分摊；
（4）当年12月销售写字楼的70%，取得含税销售收入合计9800万元；另外30%自9月初开始对外出租，当年实际取得不含税租金收入80万元。
已知：当地规定计征土地增值税时其他房地产开发费用扣除比例为4%，地方教育附加允许作为税金及附加扣除；契税税率为3%；该公司采用一般计税方法计算缴纳增值税（不考虑进项税额）；不考虑印花税；该公司2021年尚未结账。
该房地产开发公司办税人员自行计算并缴纳了土地增值税。计算过程如下：
①计算扣除项目金额=3500×（1+3%）+1500+（40+60+100）+9800/（1+9%）×9%×（7%+3%+2%）+80×5%×（7%+3%+2%）=5402.58(万元)；
②增值额=9800-5402.58=4397.42（万元）；
③增值率=4397.42/5402.58×100%=81.39%；
④应纳土地增值税=4397.42×40%-5402.58×5%=1488.84（万元）。
要求：根据上述资料指出该房地产开发公司办税人员自行计算的土地增值税税额是否正确？如不正确，应如何进行调整（不考虑滞纳金及罚款）？