由于个人所得税计算比较繁琐，在税款计算上，因税款负担人不同以及理解上的差异，往往带来税款上的不一致。在实际工作中，扣缴义务人为纳税人负担税款的情况时有发生。因此，我们在计算扣缴义务人为纳税人负担税款时，一定应按国家税务总局的有关文件规定，严格执行政策，确保税款不流失。扣缴义务人应扣未扣、应收未收税款的，由扣缴义务人缴纳应扣未扣、应收未收税款。此笔税款应按国家税务总局国税发[1998]107号文件规定，由企业（雇主）全额负担税款。
1、雇主（单位或个人）为雇员（纳税人）全额负担税款的情况
根据国家税务总局《征收个人所得税若干问题的规定》[国税发（1994）089号]文件规定，单位或个人为纳税人负担个人所得税税款时，应将纳税义务人取得的不含税收入换算为应纳税所得额，计算征收个人所得税。计算公式如下：
（1）应纳税所得额：（不含税收入额－费用扣除标准－速算扣除数）÷（1－税率）
（2）应纳税额：应纳税所得额×适用税率－速算扣除数
例如 李某在2006年4月收入4000元，由企业负担税款。套用上面的公式计算如下：
应纳税所得额：（4000－1600－125）÷（1－15%）＝2676.47（元）
应纳税额：2676.47×15%－125＝276.47（元）
2、雇主为雇员负担部分税款的情况
根据国家税务总局《关于雇主为其雇员负担个人所得税税款计征问题的通知》国税发[1996] 199号文件规定，雇主为雇员负担定额税款的，应将雇员取得的工资、薪金所得换算成为应纳税所得额后，计算征收个人所得税。计算公式如下：
应纳税所得额=雇员取得的工资＋雇主代雇员负担的税款－费用扣除标准
例如 某外资企业一外籍员工月薪金15000元，企业为其负担1000元税款。该员工应纳税额计算如下：
应纳税额：（15000＋1000－4800）×20%－375=1865（元）
3、雇主为雇员负担一定比例的工资应纳的税款，或者负担一定比例的实际应纳税款的情况
根据国家税务总局国税发（1996）199号文件规定，雇主为雇员负担一定比例的工资应纳的税款或负担一定比例的实际应纳税款的，以其未含雇主负担的税款收入额换算成为应纳税所得额，计算征收个人所得税。计算公式如下：
应纳税所得额=（未含雇主负担的税款的收入额－费用扣除标准－速算扣除数×负担比例）÷（1－税率×负担比例）
例如 某合资企业一员工月薪金人民币12000元，雇主负担其工资、薪金所得30%部分的应纳税款，其当月应纳税款套用此公式计算如下：
应纳税所得额：（12000－4800－375×30%）÷（1－20%×30%）＝7539.89（元）
应纳税额：7539.89×20%－375＝1132.98（元）
4、企业或个人为纳税人的劳务报酬代付税款的情况
根据国家税务总局《关于明确单位或个人为纳税义务人的劳务报酬所得代付税款计算公式的通知》国税发[1996] 161号文件规定，单位或个人为纳税人负担个人所得税税款的，应将纳税义务人取得的不含税收入额换算为应纳税所得额，计算征收个人所得税。计算公式如下：
（1）不含税收入额为3360元（既含税收入额为4000元）以下的：
应纳税所得额＝（不含税收入－800）÷（1－税率）
（2）不含税收入额为3360元（既含税收入额4000元）以上的：
应纳税所得额＝[（不含税收入额－速算扣除数）×（1－20%）]÷[1－税率×（1－20%）]
注：公式中的税率是指不含税所得按不含税级距对应的税率。
例如：某企业支付一职工劳务报酬所得30000元，企业负担其劳务报酬所得的应纳税款。该职工本次应纳税款用公式计算如下：
应纳税所得额＝[（30000－2000）×（1－20%）÷[1－30%×（1－20%）＝29473.68元
应纳税额＝29473.68×30%－2000＝6842.10元
