由于耕地占用税是在实际占用耕地之前一次性交纳的，不存在与征税机关清算和结算的问题，因此企业按规定交纳的耕地占用税，可以不通过“应交税金”科目核算。企业为购建固定资产而交纳的耕地占用税，作为固定资产价值的组成部分，记入“在建工程”科目。
因计算差错漏交税款企业应纳耕地占用税=适用的单位税额*实际占用的耕地面积，企业在实际缴纳时，借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”科目。
补缴耕地占用税时，
1.对于工程尚未完工的，或已完工尚未投入生产经营的，按补缴税额借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”科目；
2.对于工程已完工并投入生产经营的，按补缴税额借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”科目，同时，还需借记固定资产“科目，贷记”在建工程“科目。
①工程已完工但尚未投入生产经营，公司在实际补缴税款时，作分录为：
借：在建工程
贷：银行存款
②工程已完工并投入生产经营，在实际补缴税款时，作分录为：
借：在建工程
贷：银行存款
同时，作：
借：固定资产
贷：在建工程
企业多缴税款，在收到退税时，可直接用“红字”冲减。
③工程尚未完工，企业在收到退税款时，作分录为：
借：在建工程
贷：银行存款
④工程已完工并已投入使用，则企业在收到退税款时，作分录为：
借：在建工程
贷：银行存款
同时，
借：固定资产
贷：在建工程
⑤工程尚未完工，公司在缴纳滞纳金时，作会计分录为：
借：递延资产
贷：银行存款
⑥工程已完工并投入生产经营，则公司在缴纳滞纳金时，应作会计分录为：
借：以前年度损益调整
贷：银行存款
免征耕地占用税的单位和企业，也不存在相应的会计核算。
