1、2003年度以前形成并符合税前扣除条件的财产损失，可根据纳税人的承受能力，按原规定申报扣除。自2003年起， 企业的各项财产损失，应在损失发生当年申报扣除，不得提前或延后。非因计算错误或其他客观原因，企业未及时申报的财产损失，逾期不得扣除。按本办法规定须经有关税务机关审批的，应按规定时间和程序及时申报。因税务机关的原因导致财产损失未能按期扣除的，经税务机关批准后，应调整该财产损失发生年度的纳税申报表，重新计算应纳所得税额。调整后的应纳所得税额如小于调整前的应纳所得税额，应将财产损失发生年度多缴的税款按照有关规定予以退税、抵缴欠税或下期应缴税款，不得改变财产损失所属纳税年度。
2、企业因收回、转让或清算处置股权投资而发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。
3、纳税人超过三年以上未支付的应付账款，如果债务人不能证明债权人未将该应付账款按规定确认为损失并税前扣除，债务人应将上述应付账款并入当期应纳税所得依法缴纳企业所得税。
4、汇总纳税企业。按照国家税务总局有关规定，汇总纳税的成员企业不因汇总改变独立纳税人的身份，除另有规定外，财产损失的扣除应以成员企业为单位。
5、为了防止关联企业间转移利润，逃避税收，根据国家税务总局《企业所得税税前扣除管理办法》第四十八条规定，关联企业之间的往来账款不得确认为坏账。对于关联企业之间的应收账款，经法院判决负债方破产，破产企业的财产不足以清偿的负债部分，经税务机关审核后，可允许债权方企业作为坏账损失在税前扣除。不能提供法院判决的，应提供所在地主管税务机关出具的负债方破产的证明。
6、按照《国家税务总局关于清产核资工作有关税收政策问题的复函》（国税函[2005]142号）规定，对于国资委2005年底前统一组织的清产核资，企业清产核资中应以独立纳税人为单位，全部盘盈资产与全部资产损失直接相冲抵，净盘盈经财政部、国家税务总局和国资委批准后可增加国家资本金，不计入应纳税所得额，同时允许相关资产按重新核定的入账价值确定计税基础，据以计提折旧等；净资产损失，可按规定先逐次冲减未分配利润、盈余公积、资本公积，冲减不足的，经批准可冲减实收资本（股本），不允许税前扣除；对减资影响企业资信要求的，经财政部、国家税务总局审核批准后，可分期在企业所得税前均匀申报扣除。
7、《13号令》第二十五条第（二）项"单项或批量金额较大"是指金额在100万元以上的存货损失；第二十九条第（二）项"单项或批量金额较大"是指金额在100万元以上的固定资产；第二十一条"单笔数额较小"是指单笔金额在10000元以下的应收款项。
企业已申报扣除的财产损失又获得价值恢复或补偿，应在价值恢复或实际取得补偿年度并入应纳税所得。
