案件基本情况：
某建筑集团第三建筑工程公司系集体所有制承包企业，主要经营30层以下、30米跨度以内的建筑物。该公司下设两个非独立核算的建筑队，年收入规模约500万元。1998年3月10日税务机关接到群众举报，反映该公司开具虚假发票进行偷税。根据群众举报线索，税务检查人员经过内查外调，对该单位1996年到1998年2月份的纳税情况进行了检查。
主要违法事实：
1、根据群众举报反映该公司开具的7张虚假发票，为了查清该公司开具虚假发票的准确数量，检查人员对该公司法人代表以及财务人员进行了询问，两人供认了从1996年至1997年共开具了13张"大头小尾"发票。根据上述线索检查人员进行了外部调查，经调查确认，13张发票隐瞒收入610320元，造成少缴各项税费28837元。
2、再审核该公司"工程结算收入"科目时，发现该科目有一笔25万元的收入是由上级主管公司反还的收入，经与当月该公司向税务所申报情况相核对，该笔收入未进行申报。检查人员针对这个疑点，对该公司1996至1998年2月的纳税申报情况进行了详细审查，经检查该公司在此期间少申报营业收入2198727元（包括上述25万元），造成少缴各种税费93408元。
案件处理结果：
1、根据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定，经审理，对该公司"大头小尾"发票隐瞒收入610320元部分定性为偷税，责令该公司除补缴所偷各种税费28837元以外，并对所偷税款处以一倍罚款。
2、根据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定，经审理，对该公司2198727元的工程结算收入定性为未按规定申报，责令该公司补缴各种税费93408元，并加收滞纳金13959元。
